Joseph Pilates estimait que la plupart des gens respiraient de façon inefficace , inspirant de façon peu profonde en engageant surtout la partie supérieure de leurs poumons. Or sa méthode exige une respiration thoracique et profonde, lors de laquelle les muscles intercostaux, situés entre chaque côte adjacente, se gonflent vers l’extérieur et donc les latéraux.  Cette respiration latérale, contrairement à la respiration diaphragmatique, permet aux muscles abdominaux de rester stables et contractés pendant toute la durée de l’exercice. Un autre avantage de la respiration thoracique est la quantité d’oxygène qu’elle apporte dans les lobes inférieurs des poumons , oxygénant d’autant plus le sang. La respiration thoracique améliore également la mobilité de la cage thoracique, de la colonne vertébrale et des omoplates.